http://repositorio.unb.br/handle/10482/37020| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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| 2019_ViniciusNattanSilvaLemos.pdf | 12,14 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
| Título : | Exploração in silico de dados de RNA-Seq de sementes de Elaeis guineensis, Jatropha curcas e Ricinus communis para a reconstrução de vias metabólicas de ácidos graxos e anotação de genes de interesse biotecnológico |
| Autor : | Lemos, Vinicius Nattan Silva |
| Orientador(es):: | Rech Filho, Elíbio Leopoldo |
| Assunto:: | Ácidos graxos Síntese de ácidos graxos Jatropha curcas Elaeis guineensis Ricinus communis |
| Fecha de publicación : | 2-mar-2020 |
| Data de defesa:: | 29-jul-2019 |
| Citación : | LEMOS, Vinicius Nattan Silva. Exploração in silico de dados de RNA-Seq de sementes de Elaeis guineensis, Jatropha curcas e Ricinus communis para a reconstrução de vias metabólicas de ácidos graxos e anotação de genes de interesse biotecnológico. 2019. 140 f., il. Dissertação (Mestrado em Tecnologias Química e Biológica)—Universidade de Brasília, Brasília, 2019. |
| Resumen : | Jatropha curcas (pinhão-manso), Ricinus communis (mamona) e Elaeis guineensis (dendê) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. Um melhor conhecimento das vias metabólicas associadas com a síntese de ácidos graxos contribuirá para a maximização da produção utilizando métodos de engenharia metabólica e biologia sintética. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado utilizando a tecnologia Illumina HiSeq 2500. Após a exclusão de reads de baixa qualidade, os transcritomas foram montados utilizando seis programas diferentes. Os resultados obtidos foram filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Um banco de dados local com 250 proteínas associadas à 12 vias metabólicas de ácidos graxos de 10 plantas foi criado para a identificação dos transcritos de interesse. Um total de 110, 110 e 109 proteínas únicas relacionadas com a produção de óleo foram identificados, com 146, 146 e 148 ocorrências em J. curcas, R. communis e E. guineensis respectivamente nas 12 vias metabólicas associadas a ácidos graxos. O número esperado de ocorrências, de acordo com o KEGG, seria de 158, 162 e 159, respectivamente. A estratégia desenvolvida foi capaz de identificar cinco transcritos que não haviam sido anotados nos genomas e na base de dados KEGG. A informação obtida neste trabalho pode ser utilizada como material de referência para estudos de engenharia metabólica e melhoramento da produção de ácidos graxos para propósitos industriais, principalmente voltado a biocombustíveis e produção de fármacos. |
| Abstract: | Jatropha curcas, Ricinus communis and Elaeis guineensis produce fatty acids that can be used as a renewable source in the energy matrix, presenting a great biotechnological potential for the industry. A better understanding of the metabolic pathways associated with fatty acid synthesis will contribute to the maximization of production using metabolic engineering and synthetic biology. The objective of this work was to identify transcripts related to the synthesis of fatty acids and to infer their presence in metabolic pathways. For this, the total seed RNA of these three species was extracted and sequenced using Illumina HiSeq 2500 technology. After exclusion of low-quality reads, the transcripts were assembled using six different programs. The results obtained were filtered with the Evidential Gene program to obtain robust results. A local database of 250 proteins associated with 12 metabolic pathways of 10 plant fatty acids was created for the identification of the transcripts of interest. A total of 110, 110 and 109 unique proteins related to the production of oil were identified, with 146, 146 and 148 occurrences in J. curcas, R. communis and E. guineensis respectively in the 12 metabolic pathways associated with fatty acids. The expected number of occurrences, according to the KEGG, would be 158, 162 and 159, respectively. The strategy developed was able to identify five transcripts that had not been annotated in the genomes and in the KEGG database. The information obtained in this work can be used as reference material for studies of metabolic engineering and improvement of the production of fatty acids for industrial purposes, mainly focused on biofuels and drug production. |
| Descripción : | Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Tecnologias Química e Biológica, 2019. |
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| Aparece en las colecciones: | Teses, dissertações e produtos pós-doutorado |
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