Estimativas de autozigose e identificação de assinaturas de seleção de bovinos da raça nelore utilizando painéis de SNP de alta densidade

Abstract

A intensa seleção direcional, e o uso intensivo de métodos de reprodução assistida, observado nas últimas décadas na raça Nelore, sugerem perda da diversidade genética e baixo número efetivo da população. Processos que auxiliem na estimativa de níveis de consanguinidade dos rebanho e identificação de pacotes de genes favoráveis e desfavoráveis à produção que foram fixados nessa raça, poderão contribuir para traçar diretrizes a serem seguidas pelos programas de melhoramento em andamento. Os objetivos deste trabalho foram identificar os parâmetros mais adequados para estimar corridas em homozigose, do inglês Runs of Homozygosity (ROHs), em uma população de bovinos da raça Nelore; estimar níveis de autozigosidade individual a partir do cálculo do índice FROH ; e identificar Assinaturas de Seleção a partir da análise da distribuição de ROHs comuns. Foi utilizado o comprimento mínimo de 200 SNPs com 2 heterozigotos permitidos para a identificação de ROHs visando à obtenção de Assinaturas de Seleção na raça Nelore. As características das 120.707 ROHs observadas sugerem presença de eventos de consanguinidade recentes, devido à alta incidência de trechos longos, presentes em grande parte dos animais estudados (84,55%) e eventos antigos, devido à alta proporção de trechos curtos (96,23% de todas as ROHs identificadas abaixo de 10Mb). As estimativas de FROH indicaram altos níveis de autozigosidade no rebanho, em eventos de consanguinidade recente (até 3 gerações), subindo gradativamente até eventos antigos (acima de 50 gerações), sugerindo elevado nível de parentesco direto na população e efeitos de seleção direcional na raça ou na espécie. A análise da frequência de ROHs comuns por SNPs levou a identificação de Assinaturas de Seleção nos cromossomos BTA4, 7 e 12, além de indícios de Assinatura de Seleção também no cromossomo BTA24. O estudo de sobreposição de QTL identificou QTLs nas regiões conservadas, relacionados a Características Reprodutivas; Crescimento; Produção de Carne, Carcaça e Conformação; Habilidade Materna; Eficiência Alimentar; Termorregulação e Resistência a Endo e Ectoparasitas. Os resultados encontrados mostraram-se em conformidade com o esperado, devido às características da população estudada.