Sequenciamento de DNA, montagem de novo do genoma e desenvolvimento de marcadores microssatélites, indels e SNPs para uso em análise genética de Brachiaria ruziziensis

Abstract

Este estudo tem como foco o desenvolvimento e uso de ferramentas de bioinformática aplicadas à análise de grandes volumes de dados de sequenciamento para identificar e selecionar variações específicas de sequência de DNA, como polimorfismos de único nucleotídeo (SNP - Single Nucleotide Polymorphism), marcadores microssatélites (SSR – Single Sequences Repeats) e (indels - Insertions/Deletions), visando o seu emprego em programas de conservação de germoplasma e de melhoramento genético de Brachiaria ruziziensis. Além disto, pretende valer-se das análises in silico com base no genoma de espécies conhecidas como modelo para estudo (ex. arroz), para a caracterização do genoma de Brachiaria ruziziensis, uma espécie órfã de informação genômica. Objetivos específicos a. Sequenciar, montar de novo, analisar e caracterizar o genoma estrutural de Brachiaria ruziziensis, com ênfase no conhecimento da composição de elementos transponíveis, bem como do espaço gênico, em comparação com outras espécies; b. Desenvolver marcadores microssatélites para uso em análise genética e no programa de melhoramento de B. ruziziensis através de sequenciamento de alto desempenho (NGS – Next Generation Sequencing) do genoma nuclear de braquiária. c. Sequenciar, montar de novo, analisar e caracterizar o genoma cloroplástico das quatro principais espécies de braquiária no Brasil (B. ruziziensis, B. brizantha, B. decumbens e B. humidicola). Desenvolver e validar marcadores espécieespecíficos baseados inserções/deleções do DNA cloroplástico para a identificação de acessos destas espécies. d. Desenvolver marcadores SNPs para uso em análise genética e no programa de melhoramento de B. ruziziensis através de NGS.