Ocorrência e caracterização molecular de isolados de Allexivirus em baunilhas no Brasil

Abstract

A baunilha (Vanilla spp.) é uma orquídea de grande importância econômica, cultivada e comercializada mundialmente por seus frutos aromáticos de alto valor. Entre mais de 100 espécies descritas do gênero, cerca de 30 ocorrem no Brasil, das quais 15 produzem frutos aromáticos. Apesar do elevado potencial comercial e da atratividade do mercado, o país ainda carece de tradição no cultivo dessa orquídea. A Embrapa mantém o Banco Ativo de Germoplasma de Baunilha (BAG-Baunilha), que reúne cerca de 160 acessos de diferentes espécies do gênero Vanilla. Entre os principais desafios fitossanitários da cultura destacam-se as doenças causadas por vírus, capazes de gerar perdas significativas na produção. Contudo, até o momento, não havia registros de infecções virais em Vanilla no Brasil. O objetivo deste estudo foi investigar a presença de vírus de RNA em baunilhas brasileiras por meio de sequenciamento de alto desempenho (HTS), buscando compreender os vírus que infectam as plantas e a rede de interações que sustentam a diversidade viral. Dados de sequenciamento de pools de amostras do BAG-Baunilha foram analisados com ferramentas de bioinformática, incluindo Geneious e BLAST. A análise do pool de V. planifolia revelou 60 contigs com alta identidade ao Vanilla latent virus (VLV; Allexivirus latensvanillae, família Alphaflexiviridae). As análises de BLASTx e BLASTn indicaram dois grupos: um majoritário, com identidades superiores a 90% em relação ao VLV, denominado VLVBR2, e outro com menores identidades, sugerindo uma variante distinta, VLV-BR1. Contigs representando genomas quase completos foram obtidos para ambas as variantes, exibindo códons de iniciação alternativos no gene da RNAdependent RNA polymerase (RdRp), característica comum em Allexivirus. A presença das duas variantes foi confirmada por RT-PCR em amostras do BAG-Baunilha e de coletas da Embrapa nos estados do Pará e da Bahia. Mono-infecções por VLV-BR2 foram detectadas em 8 das 47 amostras de Vanilla (V. cf. odorata, V. cf. hartii, V. planifolia e V. sp.) e por VLV-BR1 em 7 amostras (V. planifolia e V. phaeantha). Houve coinfecção em uma amostra de V. planifolia e 100% de infecção por VLV-BR1 em mudas clonais derivadas de uma amostra positiva do BAG-Baunilha (V. planifolia). A transmissão mecânica do VLV-BR2 foi obtida experimentalmente em Nicotiana benthamiana (1/17). Este estudo representa o primeiro registro do Vanilla latent virus (VLV) no Brasil sob a forma de duas variantes, VLV-BR1 e VLV-BR2, e documenta sua ocorrência em novos hospedeiros do gênero Vanilla (V. cf. odorata, V. cf. hartii e V. phaeantha).