Titre:	Desenvolvimento de pipelines de genômica bacteriana e sua aplicação em isolados do Hospital Universitário de Brasília
Auteur(s):	Almeida, Felipe Marques de
Orientador(es)::	Pappas Júnior, Georgios Joannis
Assunto::	Bactérias Patógenos Resistência antimicrobiana Virulência
Date de publication:	30-jui-2020
Data de defesa::	17-fév-2020
Référence bibliographique:	ALMEIDA, Felipe Marques de. Desenvolvimento de pipelines de genômica bacteriana e sua aplicação em isolados do Hospital Universitário de Brasília. 2020. 98 f., il. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020.
Abstract:	Advances in DNA sequencing technologies are reshaping bacterial genomics studies enabling chromosome level assemblies, at a fraction of cost and time, paving the way to population level genomic surveys. At the present, the computational analysis of sequencing data is the main hindrance to the field and withholds its move into mainstream clinical settings. To solve this problem, we developed three container-based pipelines capable of assembling and annotating genomes using sequencing data from multiple platforms, enabling the identification of resistance genes, virulence factors, prophages and integrative elements. In general, a genome can be assembled and annotated on a laptop in less than a day. Each pipeline is modular, and takes into account different analytical scenarios readily configured by the user. The use of containers allows these pipelines to be executed in any operating system and does not require the manual installation of their components. The application of these pipelines in bacterial isolates from the University Hospital of Brasília allowed the characterization of a hypermucoviscous multidrug resistant strain of Klebsiella pneumoniae ST11-K64 containing several virulence factors. The results of this work reissue alerts about the emergence of high risk pathogens due to the convergence of resistance and virulence genes and reinforce the need of pathogen surveillance programs. It also demonstrates the great potential of genomics in the battle against bacterial infections. In conclusion, these pipelines offer a simple and straightforward tool to bridge the gap toward routine bacterial genomics in health care systems.
metadata.dc.description.unidade:	Instituto de Ciências Biológicas (IB) Departamento de Biologia Celular (IB CEL)
Description:	Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2020.
metadata.dc.description.ppg:	Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular
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Agência financiadora:	Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).
Collection(s) :	Teses, dissertações e produtos pós-doutorado

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