Caracterização molecular dos HPVs de alto risco dos genótipos -53, -56 e -66 infectando mulheres no Distrito Federal e Entorno

Abstract

O câncer cervical é a segunda causa de morte na população feminina e estão associado à infecção pelos papilomavírus humanos (HPVs). Os diferentes genótipos do HPV têm potencial oncogênico distinto e, da mesma forma, variantes intragenótipo também podem apresentar oncogenicidade diferenciada. Vários trabalhos foram realizados no sentido de caracterizar os variantes dos HPVs-16 e -18, porém, existe pouca informação sobre os variantes dos outros genótipos de alto risco. O objetivo desse trabalho foi ampliar os conhecimentos acerca da variabilidade genética dos HPVs -53, -56 e -66. Para isso foram amplificadas e sequenciadas as regiões genômicas LCR, E6 e L1 de seis amostras do HPV-53, cinco do HPV-56 e seis do HPV-66. As sequências geradas foram analisadas quanto à variação de nucleotídeos em relação às sequências de referência dos HPVs-53, -56 e -66. Além disso, foi feita a análise filogenética das amostras do Distrito Federal (DF) juntamente com amostras de outras partes do mundo a partir de sequencias depositadas no GenBank. A análise das sequências de E6 e LCR das amostras do HPV-53 revelou a persiana de 6 variantes com relação à sequência de referência. Na análise do gene L1 foram detectados 3 variantes. Dentre as amostras do HPV-56, na análise de E6 e de LCR foram detectados 3 variantes e no gene L1 um variante foi detectado em 3 das 5 amostras. A análise das amostras do HPV-66 revelou a presença de um variante na análise do gene E6, nenhum variante na LCR e 2 variantes na análise do gene L1. Foram observadas substituições nucleotídicas não silenciosas, levando à troca de aminoácidos, o que pode indicar uma diversidade biológica e patogênica entre os variantes de cada genótipo do HPV. Além disso, as variações detectadas em potenciais sítios de ligação para fatores transicionais, celulares ou viral, podem influenciar a expressão dos oncogenes virais. Na análise filogenética não foi observado agrupamento Étnico ou geográfico que pudesse ser correlacionado com os variantes detectados, como observado para HPV-16 e -18. A análise filogenética dos HPVs-53 e -56 revelou uma divisão dicotômica somente encontrada na análise de subtipos. Filogeneticamente, o HPV-66 foi o genótipo que apresentou maior conservação, com amostras de várias regiões se agrupando no mesmo ramo onde se localizou a sequência de referência. Mais estudos devem ser conduzidos a fim de esclarecer o impacto das variações encontradas neste trabalho, visto que podem interferir na infectividade e patogenicidade viral. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT

Cervical cancer is the second major cause of death in the female population and is associated with human papillomavirus (HPV) infection. Different HPV genotypes have different oncogenic potential, and different variants intragenotype can also present different oncogenic potential. Several works have been done with the aim of describing HPV-16 and -18 variants. However, there is little information about variants of the other high-risk genotypes. The aim of this study was to improve the knowledge about genetic variability of HPVs-53, -56, and -66. We amplified and sequenced the LCR, E6 and L1 genomic regions of six HPV-53, five HPV-56 and six HPV-66 isolates. The sequences were compared to the reference sequences of HPVs-53, -56 and -66 to evaluate the presence of nucleotide substitutions. We also performed a phylogenetic analysis with the Federal District (DF) isolates and those of other parts of the world, using sequences from the GenBank. The analysis of the HPV-53 E6 and LCR isolates showed the presence of six variants in comparison with the reference sequence. In the analysis of the L1 gene we detected 3 variants. The analysis of HPV-56 E6 and LCR isolates showed the presence of 3 variants. On the L1 gene, 1 variant was detected. The analysis of HPV-66 isolates revealed the presence of one variant in E6 and 2 variants in L1, no variants were found in LCR. There were observed non-synonymous nucleotide substitutions, leading to amino acid exchanges, which may indicate a biological and pathogenic diversity between the HPVs genotypes. Furthermore, the substitutions detected on the putative transcription factors binding sites may have some implication on viral oncogenes expression. The phylogenetic analysis of HPVs-53 and -56 did not show ethno-geographical clustering that could be correlated with the detected variants, as observed for HPV-16 and -18. The HPVs-53, -56 and -66 phylogenetic analysis showed a dichotomic division only described to subtypes analysis. Phylogenetically, the HPV-66 was the most conserved genotype, with isolates from many regions clustering in the same branch, with the reference sequence. More studies must be conducted to clarify the impact of the variations found in this study, once they can interfere with the viral infectivity and pathogenicity.