Genética da conservação de suínos localmente adaptados no Brasil : uso de ferramentas genômicas e geográficas

Abstract

A espécie suína é uma das que mais perdeu diversidade genética ao longo dos anos por meio da especialização de seus grupos genéticos. Esta tese teve como objetivo geral analisar as raças suínas localmente adaptadas do Brasil e de outros países da América Latina e Caribe, além de raças domésticas e javalis europeus e asiáticos por meio de ferramentas genômicas e geográficas, como uma maneira de avançar o conhecimento na espécie e poder propor futuros caminhos para sua conservação. Dessa forma, foram realizados três estudos. No primeiro estudo foi realizada uma análise de filogeografia com 181 amostras de suínos Monteiro de 10 pontos geográficos do Pantanal-MS, Brasil, agregando informações moleculares de 19 microssatélites e de um fragmento da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA), constatou-se que as populações são geneticamente próximas, independente da distribuição geográfica, como demonstrado pelos valores de FST que variaram entre 0,009 a 0,063. O teste de Mantel indicou que existe correlação entre distância geográfica e distância genética variando de 23,09% (P=0,06), usando a distância genética D, a 24,66% quando se utilizou a FstP (P=0,055). Verificou-se que os Monteiros pertencem a um único haplótipo europeu, mas que esses animais não possuem um haplótipo exclusivo por compartilharem seu principal haplótipo com outras populações suínas (comerciais e outras raças locais) que é uma consequência do fluxo gênico entre elas. No segundo estudo foram realizadas análises de variabilidade em 25 raças suínas (incluindo as raças brasileiras Piau, Monteiro e Moura) e 59 javalis, a partir de sequências completas do genoma mitocondrial (n=108) e da região controle (n=342). Os suínos americanos apresentaram alta frequência de haplótipos europeus (78,6%), com alguns haplótipos asiáticos. A percentagem de introgressão de asiáticos em raças europeias como Pietrain, Large White, Hampshire e Duroc foi de 11,6%. Esta introgressão foi responsável por um aumento considerável na variabilidade, que foi 0,63 e 0,11 com e sem haplótipos asiáticos, respectivamente. A diversidade nucleotídica estimada nos 13 genes codificadores do mtDNA variou entre as populações e foi mais alta em javalis europeus, seguidos pelos suínos europeus e americanos. A diversidade nucleotídica variou de 0,003 para o COX1 e COX3 a 0,008 para o NADH4L. O teste McDonald–Kreitman detectou seleção positiva ou negativa em seis genes (NADH1, NADH2, COX3, NADH3, NADH4 e NADH5). No terceiro estudo foram realizadas análises de sequências de 21 genes de receptores do gosto e de nutrientes em 79 genomas representando 14 diferentes raças/populações suínas, incluindo as raças brasileiras Piau, Monteiro e Moura. O subconjunto de genes de receptores do gosto amargo (Tas2R) apresentou mais variabilidade que o subconjunto de não-Tas2R nas diferentes raças de suínos baseando-se nos polimorfismos não-sinônimos de nucleotídeo único (nsSNP). Em particular, Tas2R39 mostrou maior número (19) de nsSNPs, enquanto GPR120 (sensor de PUFA) não apresentou nenhum nsSNP.