Ferramenta de visualização interativa de comparação entre múltiplos genomas para a identificação de Sintenias

Abstract

A genômica comparativa é uma área de pesquisa que tem como objetivo a busca de como dados genômicos podem estar relacionados entre diferentes espécies. Par¬ticularmente, o volume de dados disponibilizados em bancos de dados públicos permite a busca de sintenias entre múltiplos genomas. Um par de genes é dito sintênico quando estes se conservam dentro da mesma região do DNA. Os mé¬todos comparativos ainda usam abordagens tradicionais, tais como alinhamento textual e o uso de heurísticas para acelerar as comparações. Eles produzem como resultado arquivos textuais, o que dificulta análises mais específicas, tais como a identificação de sintenias. Nesse sentido, é essencial o desenvolvimento de ferra¬mentas de visualização de comparações entre múltiplos genomas que facilitem a identificação de sintenias. O objetivo deste trabalho é propor e implementar uma ferramenta computacional que implemente um novo método de visualização que permite identificar sintenias entre múltiplos genomas, a partir de um genoma não totalmente sequenciado. Essa ferramenta foi aplicada na identificação de sinte- nias no fungo P. brasiliensis. Essa nova ferramenta, denominada Syntainia, está sendo desenvolvida como um software livre e já está disponível para download em http://sourceforge.net/projects/syntainia. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT

Comparative genomics is a research field that aims to find how genomic data can be related among different species. Particularly, the volume of data available in public databases allows for searching of synteny among multiple genomes. A pair of genes is said to be syntenic when they keep within the same region of the DNA. The com¬parative methods still use traditional approaches, such as text alignment and the use of heuristics to speed up comparisons. They produce results as text files, which makes difficult more specific analyses, such as the identification of synteny. Thus, it is essential the development of visualization tools to compare multiple genomes that facilitate the identification of synteny. The objective of this work is to propose and implement a software tool that implements a new visualization method for identifying synteny among multiple genomes from a not fully sequenced genome. This tool was applied in the identification of syntenies in the fungus P. brasilien- sis. This new tool, called Syntainia, is being developed as free software and is now available for download at http://sourceforge.net/projects/syntainia.