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Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.unb.br/handle/10482/7855
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Title: Assessment of primers designed from the small ribosomal subunit RNA for specific discrimination between Babesia bigemina and Babesia bovis by PCR
Other Titles: Contribuição dos primers obtidos de subunidades do RNA ribossômico para discriminação entre Babesia bigemina e Babesia bovis por PCR
Authors: Linhares, Guido Fontgalland Coelho
Santana, Ângela Patrícia
Lauerman, Lloyd Herman
Madruga, Cláudio Roberto
Assunto:: Babesia bovis
Babesia bigemina
RNA
Issue Date: Jul-2002
Citation: LINHARES, Guido Fontgalland Coelho et al. Assessment of primers designed from the small ribosomal subunit RNA for specific discrimination between Babesia bigemina and Babesia bovis by PCR. Ciência Animal Brasileira, Goiânia, v. 3, n. 2, p. 27-32, jul./dez. 2002. Disponível em: <http://www.revistas.ufg.br/index.php/vet/article/view/288/256>. Acesso em: 17 maio 2011.
Abstract: ABSTRACT
Six pairs of species-specific primers were designed from the alignment of the sequences of the SS rRNA gene obtained from the Genbank database for Babesia bigemina (accession number X59604) and for B. bovis (accession number U06105). Three pairs of primers were designed specifically for B. bigemina and another 3 sets of primers for B. bovis. All oligonucleotide sequences selected as primers were examined for similarities to other organisms through the Genbank Blast procedure and these 6 sets of primers demonstrated high level of specificity. The synthetic oligonucleotides were also tested for specificity by PCR assay using genomic DNA extracted from 40 isolates of B. bigemina and 30 from B. bovis, obtained in six different States ofBrazil.All 6 sets of primerswere validated as 100% specific for the respective parasite. The PCR amplified the expected fragments for each set of primers, as follows: a) B. bigemina: primersGAU5forward/GAU6 reversewith amplicon of 1,124 bp; primers GAU5 forward/GAU8 reverse with amplicon of 458 bp; primersGAU7 forward/GAU6 reversewith amplicon of 685 bp; b) B. bovis: primersGAU9 forward/GAU10 reverse with amplicon of 541 bp; primers GAU9 forward/GAU 13 reverse with amplicon of 883 bp; primers SOGIN forward/ GAU10 with amplicon of 1211 bp. ______________________________________________________________________________ RESUMO
Seis pares de primers espécie-específicos foram construídos a partir do alinhamento do gene SS rRNA de Babesia bigemina (número de acesso no Genbank: X59604) e Babesia bovis (número de acesso U06105). Três pares de primers foramconstruídos especificamente para B. bigemina e outros três para B. bovis. As seqüências de oligonucleotídeos, selecionadas como primers, apresentaramelevada especificidade na avaliação quanto à similaridades a outros microrganismos, através do procedimento designado “basic local alignment search tool (BLAST)” do Genbank. Os oligonucleotídeos sintéticos foram também avaliados quanto à especificidade através da reação de PCR, utilizando-se DNA genômico extraído de 40 isolados de B. bigemina e 30 de B. bovis procedentes de seis estados do Brasil. Os resultados da amplificação foram100% específicos para todos os pares de primers testados, obtendo-se, como produtos de PCR, fragmentos de tamanhos esperados para cada combinação de primers e DNA utilizados, como segue: a) B. bigemina: primers GAU5/GAU6 = amplicon de 1124 pares de base (pb); primers GAU5/GAU8 = amplicon de 458 pb; primersGAU7/GAU6 = amplicon de 685 pb; b) B. bovis: primersGAU9/GAU10 = amplicon de 541 pb; primers GAU9/GAU13 =amplicon de 883; primersSOGIN/GAU10 = amplicon de 1211 pb.
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