Determinação dos sorotipos e análise filogenética dos vírus da dengue circulantes no Distrito Federal nas epidemias de 2022 e 2024

Abstract

A dengue é uma arbovirose de relevância em saúde pública, causada pelo vírus da dengue (DENV), um Flavivírus composto por quatro sorotipos geneticamente distintos. No Brasil, a circulação simultânea de diferentes sorotipos e genótipos contribui para um cenário hiperendêmico, com destaque para o Distrito Federal, que registrou em 2024 a maior epidemia de sua série histórica, associada à mudança no sorotipo predominante. Nesse contexto, a caracterização molecular dos vírus circulantes é fundamental para compreender a dinâmica de transmissão e a evolução viral. Este estudo teve como objetivo geral analisar as relações filogenéticas dos sorotipos de Dengue circulantes nos anos de 2022 e 2024. Foram analisadas amostras clínicas positivas para o vírus da dengue provenientes de epidemias ocorridas no Distrito Federal nos anos de 2022 e 2024, as quais foram submetidas à extração automatizada de RNA e à identificação dos sorotipos por RT-PCR em tempo real, utilizando o kit diagnóstico ZDC Biomol, permitindo a detecção dos sorotipos DENV-1 a DENV-4. As amostras positivas para DENV-1 e DENV-2 foram selecionadas para o sequenciamento genômico parcial. O protocolo incluiu a síntese de cDNA, amplificação por PCR multiplex Tiling com primers específicos organizados em pools, confirmação da amplificação por eletroforese em gel de agarose, purificação e quantificação do material amplificado. O sequenciamento foi conduzido na plataforma MinION. A análise do reads e a montagem das sequências consenso foram realizadas no software Epi2me. A genotipagem de DENV foi realizada com o Genome Detective, com validação por BLASTn. As análises filogenéticas utilizaram o pipeline NextClade, que posiciona automaticamente as sequências em uma árvore de referência previamente inferida por máxima verossimilhança (IQ TREE). O posicionamento considerou mutações compartilhadas em sítios informativos, tratando regiões sem cobertura como dados ausentes. Os resultados evidenciaram uma mudança no perfil de circulação dos sorotipos do vírus da dengue no Distrito Federal entre as epidemias de 2022 e 2024.Em 2022, observou-se predominância quase exclusiva do DENV-1 (97,6%), enquanto em 2024 ocorreu cocirculação com predomínio do DENV-2 (53,7%).As análises filogenéticas posicionaram as sequências de DENV-1 e DENV-2 do Distrito Federal em árvores de referência robustas. As amostras de DENV 1 agruparam-se consistentemente no Genótipo V, sugerindo circulação contínua de linhagens endêmicas já estabelecidas no país, enquanto as de DENV-2 concentraram-se predominantemente no Genótipo II (Cosmopolita). O agrupamento filogenético das amostras de DENV-2 em clados bem definidos, com baixa dispersão genética, é compatível com uma possível introdução recente e disseminação local dessa linhagem. As análises de similaridade nucleotídica para ambos os sorotipos demonstraram proximidade com isolados brasileiros e internacionais. Em conclusão, a caracterização molecular evidenciou mudança no perfil de circulação viral no Distrito Federal entre 2022 e 2024, com predomínio de DENV-2 no período mais recente. Enquanto as amostras de DENV-1 mantiveram-se no Genótipo V, as de DENV-2 foram classificadas como Genótipo II (Cosmopolita). Os achados reforçam o potencial da vigilância genômica para detectar alterações na dinâmica de circulação do DENV.