Título:	Informatividade filogenética de marcadores para identificação de espécies de Septoria : estudo de caso em Asteraceae e Ericaceae
Outros títulos:	Phylogenetic informativeness of markers for Septoria species identification : Asteraceae and Ericaceae as a case study
Autor(es):	Queiroz Júnior, Clemildo de Sousa
Orientador(es):	Pinho, Danilo Batista
Assunto:	Fungos fitopatogênicos Análise filogenética Taxonomia Plantas - doenças e pragas
Data de publicação:	7-Ago-2025
Data de defesa:	28-Fev-2025
Referência:	QUEIROZ JÚNIOR, Clemildo de Sousa. Informatividade filogenética de marcadores para identificação de espécies de Septoria: estudo de caso em Asteraceae e Ericaceae. 2025. 34 f., il. Dissertação (Mestrado em Fitopatologia) — Universidade de Brasília, Brasília, 2025.
Abstract:	Septoria is a phytopathogenic fungus that causes leaf spots in a variety of plant species. Initially, identification was based on morphological characteristics and host specificity. However, phylogenetic analyses have revealed the existence of cryptic species and a reduced host specificity. Although seven genomic regions are widely utilized for accurate species identification, there is no consensus regarding their actual necessity, and the lack of standardization between studies complicates the comparison of isolates, increasing costs and requiring additional samples for analysis. This study aimed to identify new species and hosts of Septoria and to evaluate the phylogenetic signal of seven genomic regions for species delimitation. Isolates were obtained from leaf spots of five plant species (Acanthospermum hispidum, Conyza canadensis, Crepis japonica, Rhododendron simsii, and Vernonia polysphaera) collected from the states of Ceará, Goiás, Pernambuco, Paraná, Rio de Janeiro, Santa Catarina, São Paulo, and the Federal District. The genomic regions actin (act), calmodulin (cmda), β-tubulin (tub2), nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS), elongation factor 1-alpha (tef1), 28S nrDNA (LSU), and the largest subunit of RNA polymerase II (rpb2) were sequenced for multilocus Maximum Likelihood and Bayesian Inference analyses. Species identification followed the criterion of phylogenetic species recognition through genealogical concordance (GCPSR). Genetic informativeness of the seven genomic regions was assessed using an integrated approach, including Barcode gap distance, Inter/intra overlap distance and PhyDesign, while the "Concordance Factor" was used to determine the proportion of genomic regions consistently supporting a clade in comparisons between trees constructed with all genes versus those using only the most informative genes. Among 27 isolates obtained from plants belonging to the Asteraceae and Ericaceae families, only S. crepidis was found on the same host previously reported in Brazil. The species S. siegesbeckiae was first recorded on Acanthospermum hispidum (Asteraceae). Additionally, this study proposes a new species associated with Conyza canadensis and provides the molecular characterization of S. cf. vernoniae associated with Vernonia polysphaera. Phylogenetic informativeness analysis showed that the genomic regions tef1, cmda, and tub2 are the most effective for species identification within the genus Septoria, with an increase in the concordance of well-supported clades when only the most informative genes were used. Therefore, sequencing these regions is sufficient for accurate species identification, while the other markers should mainly be used for the description of new species. These results emphasize the importance of integrating both morphological and molecular approaches for a more accurate and standardized classification of the genus.
Unidade Acadêmica:	Instituto de Ciências Biológicas (IB) Departamento de Fitopatologia (IB FIT)
Informações adicionais:	Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2025.
Programa de pós-graduação:	Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia
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Agência financiadora:	Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).
Aparece nas coleções:	Teses, dissertações e produtos pós-doutorado

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