Biogeografia do Arqueoma Oral

Abstract

Evidências crescentes indicam que as arqueias são parte da microbiota residente em vários sítios orais e desempenham um papel ainda pouco compreendido. Estudos sugerem que a diversidade dessas arqueias na cavidade oral humana pode estar subestimada e não limitada apenas a organismos metanogênicos, como se acreditava anteriormente. Na intenção de colaborar com a ampliação do conhecimento do arqueoma no contexto do microbioma oral e suas possíveis funções, o projeto “Biogeografia do arqueoma oral” foi desenvolvido nesta tese de doutorado. Seu objetivo geral foi mapear a ocorrência de membros do domínio Archaea em diferentes sítios orais. Identificamos que os desafios metodológicos relacionados à detecção e isolamento, incluindo dificuldades na cultura e no desenho de iniciadores específicos, contribuem para essa lacuna no conhecimento. Há necessidade de iniciadores para detectar arqueias além das metanogênicas, como os grupos Nanoarchaeota e Thaumarchaeota, o que poderia ampliar a compreensão da diversidade das arqueias na biogeografia oral. Nossa revisão sistemática com meta-análise mostrou que indivíduos com periodontite têm maior probabilidade de apresentar biofilmes subgengivais positivos para arqueias em comparação com indivíduos periodontalmente saudáveis (OR 6,68, IC 95% 4,74-9,41 para análise do gene 16S rRNA e OR 9,42, IC 95% 2,54-34,91 para análise do gene mcrA), sugerindo que as arqueias podem atuar como colonizadoras secundárias em processos inflamatórios periodontais. Além disso, a prevalência de arqueias em canais radiculares foi estimada em cerca de 20% (IC 95% 8-32), com a predominância de metanogênicas, mas também com a detecção de Thaumarchaeota e Crenarchaeota. Demonstramos também que, embora de baixa abundância, arqueias estão presentes tanto em amostras de biofilme e saliva associados a cárie em análise in silico. Genes relacionados à metanogênese estão superexpressos em amostras de pessoas livres de cárie, o que sugere um possível papel na manutenção da homeostase do microbioma oral. Por fim, também observamos a biogeografia de arqueias metanogênicas na cavidade oral, analisando diferentes tipos de amostras como saliva, biofilmes supragengivais e subgengivais, dentina cariada e biofilme lingual. Um total de 142 amostras foram analisadas e a amplificação do gene mcrA foi realizada por PCR e qPCR. Os resultados indicaram a presença de arqueias metanogênicas em múltiplos tipos de amostras. Conclui-se que, apesar da relevância das arqueias no microbioma oral ainda requerer estudo, elas surgem como componentes importantes de baixa abundância, da microbiota bucal associada a doença no biofilme subgengival e endodônticos, mas também em saúde em biofilme supragengival e saliva.