Título:	Novel molecular markers for inference of phylogenetic relationship and differential detection of Moniliophthora perniciosa AND Moniliophthora roreri
Outros títulos:	Novos marcadores moleculares para o relacionamento filogenético e detecção de Moniliophthora perniciosa e Moniliophthora roreri
Autor(es):	Magalhães, Eduardo Henrique Porto
Orientador(es):	Pinho, Danilo Batista
Assunto:	Cacaueiro - doenças e pragas Fungo quarentenário Fitopatologia Iniciadores espécie-específicos
Data de publicação:	2-Ago-2022
Data de defesa:	1-Out-2021
Referência:	MAGALHÃES, Eduardo Henrique Porto. Novel molecular markers for inference of phylogenetic relationship and differential detection of Moniliophthora perniciosa AND Moniliophthora roreri. 2021. 46 f., il. Dissertação (Mestrado em Fitopatologia) — Universidade de Brasília, Brasília, 2021.
Abstract:	Cocoa (Theobroma cacao) is a plant species native to the Amazon rainforest, widely cultivated in tropical areas for chocolate production. The fungi Moniliophthora perniciosa and M. roreri are the main pathogens that affect cocoa production in South and Central America, where they are responsible for significant yield losses. These pathogens pose a real threat to other regions of cocoa production. The quarantine fungus M. roreri was detected in Brazil on July 2021 close to the Peruvian border. Prevention is the main strategy to protect cacao from M. perniciosa and M. roreri. Therefore, accurate and rapid detection methods are essential to prevent the entry and spread of diseases. A single molecular marker is insufficient for accurate identification of fungi. Selecting proper genomic regions of homologous single-copy genes is essential to avoid species overlapping and enable precise molecular identification of Moniliophthora species. In addition, the validation of a Polymerase Chain Reaction (PCR) using species-specific primers allows obtaining fast, accurate and effective results. Based on these premises, this work aimed to (i) develop and validate new molecular markers for robust phylogenetic studies of Moniliophthora spp.; (ii) indicate the optimal molecular markers, and (iii) develop and validate species-specific primers for quick and easy detection of M. perniciosa and M. roreri. Moniliophthora roreri isolates were collected in Manabí-Ecuador, while M. perniciosa isolates were obtained from the states of Amazonas, Bahia and Pará-Brazil for sequencing the molecular markers ITS, LNS2, MCM7, RPB1, RPB2, TEF1- α, TEF3 and TOPI. Combinations of primers were tested to amplify the ITS and LNS2 regions. Eight sequenced genomic regions did not have intraspecific variation among isolates. The developed species-specific primers from the ITS region successfully amplified M. perniciosa and M. roreri isolates, while the ones designed from the LNS2 region only amplified M. roreri. Therefore, a protocol based on the primers designed by this work would be able to effectively identify and detect M. perniciosa and M. roreri, which is essential to mitigate risks caused by witches' broom and cocoa frosty pod rot. These tools can be included in international surveillance programs for plant products, and in contingency plans for monitoring plant health.
Unidade Acadêmica:	Instituto de Ciências Biológicas (IB) Departamento de Fitopatologia (IB FIT)
Informações adicionais:	Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2021.
Programa de pós-graduação:	Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia
Licença:	A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.
Aparece nas coleções:	Teses, dissertações e produtos pós-doutorado

Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.