Título:	O soro apresenta maior proporção da variante Janus quinase 2 V617F comparado com amostras pareadas de sangue total-edta : um modelo de quantificação para variantes somáticas utilizando qPCR e o método de quantificação relativa 2- ∆∆cq
Autor(es):	Almeida, Ana Luisa Santa Cruz de
Orientador(es):	Barra, Gustavo Barcelos
Assunto:	Janus quinase 2 (JAK2) Método 2-∆∆Cq Real Time Quantitative (PCR) Real alelo específico Amplification Refractory Mutation System (ARMS) Quantificação relativa Neoplasias mieloproliferativas V617F
Data de publicação:	7-Jul-2020
Data de defesa:	12-Mar-2020
Referência:	ALMEIDA, Ana Luisa Santa Cruz de. O soro apresenta maior proporção da variante Janus quinase 2 V617F comparado com amostras pareadas de sangue total-edta: um modelo de quantificação para variantes somáticas utilizando qPCR e o método de quantificação relativa 2- ∆∆cq. 2020. 66 f., il. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020.
Abstract:	Detection of JAK2 V617F mutation is a diagnostic criterion for chronic myeloproliferative neoplasms and high levels of mutant alleles are associated with worse outcomes. This mutation is usually tested on blood DNA by allele-specific qPCR (AS-qPCR) and measured using absolute quantification. However, some automated DNA extractions co-extracts PCR inhibitors from blood and absolute quantification needs increased effort to maintain standard curves. JAK2 V617F can also be detected in serum using droplet digital PCR (ddPCR), a specimen with less inhibitors and favorable to automated extractions, but ddPCR instruments are not wide available as qPCR thermocyclers. Here, we evaluate whether JAK2 V617F could be accurately quantified by AS-qPCR using the 2-∆∆Cq method on blood DNA and validate the assay using gold-standard molecular diagnostic protocols. Next, we apply the validated method to assess if the mutation could be reliably detected/quantified in serum. JAK2 V617F could be quantified by AS-qPCR using 2-∆∆Cq method, the assay was highly accurate (bias of 1.91%) compared to a gold-standard commercial kit, highly precise (total CV% of 0.40%, 1.92%, 11.12% for samples with 93%, 54% and 2.5% of mutant allele), highly sensitive (limit of detection of 0.16%) and demonstrated a linear detection response from 1.16% to 99.98%. Serum showed a higher mean mutant allele burden of 4% compared to the paired whole blood samples what would allow for increased JAK2 mutant detection rates and favors increased JAK2 V617F high-throughput analysis.
Unidade Acadêmica:	Faculdade de Ciências da Saúde (FS)
Informações adicionais:	Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2020.
Programa de pós-graduação:	Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde
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Aparece nas coleções:	Teses, dissertações e produtos pós-doutorado

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