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Título: Caracterização de Archaea cultivadas a partir de amostras de um aquário de água doce
Autor(es): Costa, Mélodi Maciel da
Orientador(es): Kyaw, Cynthia Maria
Assunto: Archaea
Água - microbiologia
Filogenia
Data de publicação: 9-Nov-2018
Referência: COSTA, Mélodi Maciel da. Caracterização de Archaea cultivadas a partir de amostras de um aquário de água doce. 2018. 72 f., il. Dissertação (Mestrado em Biologia Microbiana)—Universidade de Brasília, Brasília, 2018.
Resumo: Em 1990, Woese e colaboradores classificaram os seres vivos em três domínios distintos: Bacteria, Archaea e Eukarya. Inicialmente, as archaeas foram relacionadas apenas a ambientes extremos como fontes termais, ambientes salinos, ácidos e anaeróbios. Posteriormente, com avanço das técnicas moleculares, foram detectadas archaeas em diversos ambientes não extremos como solos, sedimentos e ambientes aquáticos, revelando a ubiquidade desse domínio. No entanto, o cultivo laboratorial de archaeas não extremas ainda é pouco expressivo e muitos aspectos de sua biologia permanecem desconhecidos. Trabalhos prévios de nosso grupo resultaram na obtenção de culturas mistas de archaeas e bactérias, a partir de amostras de um aquário residencial de água doce. Diferentes tipos coloniais foram obtidos e, no presente trabalho, a cultura denominada Kappa C foi caracterizada. A manutenção dessa cultura foi realizada em meios confeccionados empregando-se a água do aquário acrescida de antibióticos e antifúngicos, com o objetivo de tornar o meio seletivo para archaeas. Paralelamente, foi adicionado cloreto de amônio em alguns meios de cultura, visando o enriquecimento de archaeas oxidantes amônia (AOA). Os microrganismos presentes no tipo colonial Kappa C foram caracterizados quanto à morfologia celular por diferentes técnicas de microscopia, revelando pequenas células cocóides e bacilos. As células presentes no cultivo foram submetidas à extração de DNA total para a realização de ensaios de PCR com os iniciadores específicos para o gene codificador de rRNA 16S de Archaea, Bacteria, assim como para o gene amoA de Archaea. Os resultados revelaram a presença de diversas sequências classificadas como archaeas metanogênicas, do filo Euryarchaeota. Foram também obtidas sequências classificadas como pertencentes aos grupos I.1b de Thaumarchaeota, capazes de oxidar amônia, e grupo I.1c, que ainda não possui representantes cultivados. Também foram identificadas sequências classificadas nos filos Bathyarchaeota e Parvarchaeota, que também não apresentam representantes cultivados até o momento. Apesar do uso de antibióticos de amplo espectro, as análises revelaram a presença de sequências de bactérias do gênero Pandoraea. Dessa forma foi revelado que o tipo colonial Kappa C consiste em uma co-cultura de diferentes archaeas e, pelo menos um gênero de bactéria.
Abstract: In 1990, Woese and contributors classified the organisms in three distinct domains: Bacteria, Archaea and Eukarya. Initially, archaeas were associated to extreme environments, like hot springs, saline, acid and anaerobic sites. With the advances in molecular approaches, archaeas were detected in several environments like soils, sediments, aquatic environments, revealing the ubiquity of this domain. On the other hand, the cultivation of non-extreme archaeas is still incipient and many aspects of their biology remain unknown. Previous works of our group resulted in the cultivation of mixed cultures of bacteria and archaea from a freshwater residencial aquarium samples. Diferent colonial types were described, and in the present work the colonial type named Kappa C was further characterized. This culture was inoculated in culture media composed of the water of the aquarium added with antibiotics and antifungal agents in order to make the medium selective for archaeas. Some culture media were also added with ammonium chloride in order to enrich for ammonia oxidizing archaeas (AOAs). The morphology of Kappa C colonial type cells were characterized by different techniques of microscopy, revealing small coccoid and rod shaped cells. The cells present in the culture were submitted to total DNA extraction and PCR essays using specific primers directed to the rRNA 16S gene of Archaea and Bacteria, as well as the archaeal amoA gene. The results, revealed the presence of sequences of methanogenic archaeas, of the Euryarchaeota phylum. Sequences classified as belonging to groups I.1b of Thaumarchaeota were obtained, which are ammonia oxidizers, and I.1c group, which do not yet has cultured representatives. Sequences from the phyla Bathyarchaeota and Parvarchaeota were also identified, which also do not present cultivated representatives until now. Despite the use of broad spectra antibiotics, our analyses revealed the presence of bacterial sequences of the Pandoraea genus, revealing that the Kappa C colonial type consists of a co-culture of different archaeas and at least one genus of bacteria.
Informações adicionais: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2018.
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Agência financiadora: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).
Aparece nas coleções:IB - Mestrado em Biologia Microbiana (Dissertações)

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