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Título: Calicivírus humanos : pesquisa em amostra de esgoto, construção de clone e modelagem estrutural
Autor(es): Anjos, Karoline dos
Orientador(es): Nagata, Tatsuya
Assunto: Esgotos - Distrito Federal (Brasil)
Vírus - aspectos genéticos
Proteínas
Infecção - fungos
Genética reversa
Gastroenterite
Data de publicação: 25-Out-2017
Referência: ANJOS, Karoline dos. Calicivírus humanos: pesquisa em amostra de esgoto, construção de clone e modelagem estrutural. 2017. vii, 116 f., il. Tese (Doutorado em Biologia Molecular)—Universidade de Brasília, Brasília, 2017.
Resumo: Os calicivírus humanos são os principais causadores de gastroenterites no mundo, atualmente. No entanto, por não possuírem ainda um sistema de replicação viral in vitro, diferentes abordagens são desenvolvidas para que se possa obter maiores informações a cerca da biologia desses vírus. A análise ambiental tem demonstrado que assim como os demais vírus entéricos, as partículas dos calicivírus humanos são resistentes e são passíveis de serem detectados a partir de metodologias como RT-PCR em diferentes amostras. No Capítulo I desta tese utilizou-se a tecnologia de Next Generation Sequencing para a avaliação da população viral encontrada em um esgoto urbano coletado na Estação de Tratamento de Esgoto Norte, Brasília, DF, Brasil, com intuito de se determinar quais possíveis vírus humanos estariam circulando na população do Distrito Federal. Além de vírus humanos, foram encontrados vírus animais, vegetais e de insetos nas amostras analisadas. No entanto apenas os vírus com hit para entéricos causadores de doença humana tiveram seu genoma completo montado. Dentre os achados pelo menos três genótipos de sapovírus foram encontrados, assim como o novo genótipo epidêmico de norovírus GII.17 e, um vírus novo descrito como astrovirus-tipo, o bastrovirus. No Capítulo II seis diferentes genótipos de norovírus pouco detectados foram utilizados para expressar o domínio protuberante (P) do capsídeo, com intuito de se comparar e compreender possíveis mudanças estruturais e nucleotidícas em relação ao genótipo mais prevalente (GII.4). Como resultados as estruturas cristalizadas de domínio P de norovírus GII.21, GII.22 e GII.22 ligada a fucose, que é um açúcar precursor na diferenciação de HBGA (histo-blood group antigens) foram resolvidas. Por fim, no Capítulo III, um clone contendo o cDNA referente ao genoma do sapovírus BR01 foi construído. O uso de microscopia confocal a laser e citometria de fluxo confirmaram a funcionalidade do clone pela positividade de reação entre as células transfectadas e o anticorpo anti-P2 (subdomínio de VP1). Futuros experimentos poderão validar o uso desse clone como ferramenta para genética reversa.
Abstract: Human caliciviruses are the main cause of gastroenteritis in the world today. However, because they do not have a viral multiplication system in cell culture, different approaches are developed so that more information can be obtained about the biology of these viruses. Environmental analysis has shown that, like other enteric viruses, human calicivirus particles are resistant and can be identified from methodologies such as RTPCR in water or food samples. In Chapter I of this thesis was used the Next Generation Sequencing technology to evaluate the viral population found in an urban sewage collected in the North Waste Water Treatment, Brasilia, DF, Brazil, in order to determine which possible human viruses would be circulating in the population of the Federal District. In addition to human viruses, animal, plant and insect viruses were found in the samples analyzed. However only the hit viruses for enteric-causing human disease had their complete genome assembled. Among the findings, at least three sapovirus genotypes were found, as well as the novel genotype of norovirus GII.17 and, a novel virus described as astrovirus-type, bastrovirus. In Chapter II, six different genotypes of undetected norovirus were used to express the protruding (P) capsid domain, in order to compare and understand possible structural and nucleotid changes in relation to the most prevalent genotype (GII.4). As results the crystallized P domain structures of norovirus GII.21, GII.22 and GII.22 linked to fucose, which is a precursor sugar in the differentiation of HBGA (histo-blood group antigens) were resolved. Finally, in Chapter III, a clone containing the cDNA for the genome of sapovirus BR01 was constructed. The use of laser confocal microscopy and flow cytometry confirmed the functionality of the clone by the reactivity positivity between the transfected cells and the anti-P2 antibody (subdomain of VP1). Future experiments could validate the use of this clone as a tool for reverse genetics.
Informações adicionais: Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017.
Licença: A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições:Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.
Aparece nas coleções:CEL - Doutorado em Biologia Molecular (Teses)

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