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Título: Variação genética e filogenia de Pseudoplusia includens single nucleopolyhedrovirus
Autor(es): Craveiro, Saluana Rocha
Orientador(es): Castro, Maria Elita Batista de
Assunto: Lagartas
Pragas agrícolas
Baculoviroses
Data de publicação: 16-Mai-2012
Referência: CRAVEIRO, Saluana Rocha. Variação genética e filogenia de Pseudoplusia includens single nucleopolyhedrovirus. 2012. 141 f., il. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular)—Universidade de Brasília, 2012.
Resumo: A lagarta falsa-medideira (Pseudoplusia includens; Walker, 1857) tornou-se uma praga de grande importância nas lavouras de soja no Brasil. Sete isolados virais, caracterizados como variantes genotípicos do baculovirus Pseudoplusia includens single nucleopolyhedrovirus(PsinSNPV), foram obtidos de larvas P. includens coletadas em plantações de soja e algodão no Brasil e Guatemala. Visando determinar a diversidade genética e filogenia de sete isolados de PsinSNPV (IA a IG), sequências parciais dos genes lef-8 e lef-9(late expression factor), pif-2 (per os infectivity factor 2),phr (DNA photolyase) e polh/gran (polyhedrin/granulin)foram obtidas e árvores filogenéticas foram construídas usando análises da máxima parcimônia (MP) e Bayesiana (IB).DNA de sete isolados foi amplificado por PCR utilizando oligonucleotideos degenerados específicos aos genes lef-8, lef-9, pif-2, phr e polh/gran e as sequências obtidas foram de 513, 260, 357, 780 e 510 pb de tamanho, respectivamente. Para cada gene, as sequências alinhadas mostraram pouco polimorfismo nucleotídico entre os isolados de PsinSNPV. A relação filogenética de PsinSNPV com outros 57 baculovirus sequenciados foi também determinada a partir de sequências nucleotídica e peptídica, individual e concatenada, dos genes lef-8, lef-9, pif-2 e polh/gran. As árvores filogenéticas demostraram que PsinSNPV agrupou-se com os baculovirus do gênero Alphabaculovirus Grupo II, onde PsinSNPV é mais proximamente relacionado ao Chrysodeixis chalcites NPV (ChchNPV) e Trichoplusia ni SNPV (TnSNPV). Árvores filogenéticas por máxima parcimônia e Bayesiana foram obtidas da concatenação das sequências nucleotídicas dos cinco genes lef-8, lef-9, phr, pif-2 epolh, onde pif -2 foi o mais variável. As árvores exibiram dois grupos monofiléticos estreitamente relacionados, um contendo os isolados IB, IC e ID e o outro contendo os isolados IA, IE, IF e IG. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT
The soybean looper (Pseudoplusia includens ; Walker, 1857) has become a major pest in soybean crops in Brazil. Seven isolates, characterized as genotypic variants of the Pseudoplusia includens single nucleopolyhedrovirus(PsinSNPV) baculovirus were obtained from P. includenslarvae collected in soybean and cotton crops in Brazil and Guatemala. In order to determine the genetic diversity and phylogeny of the seven isolates PsinSNPV (IA - IG), partial sequences of the genes lef-8and lef-9(late expression factor), pif-2 (per osinfectivity factor 2), phr (DNA photolyase) and polh/gran (polyhedrin/granulin) were obtained and phylogenetic trees constructed using maximum-parsimony (MP) and Bayesian analyses (IB). DNA from seven isolates was amplified by PCR using lef-8, lef-9, pif-2, phrand polh/gran specific degenerate primers and the sequences obtained were 513, 260, 357, 780 and 510 bp long, respectively. For each gene, the aligned sequences showed little nucleotide polymorphism between PsinSNPV isolates. The phylogenetic relationship of PsinSNPV with 57 other baculoviruses was also determined from the individual and concatenated nucleotide and amino acid sequences of the genes lef-8, lef-9, pif-2and polh. The phylogenetic trees clearly place PsinSNPV with the group II Alphabaculovirus, where PsinSNPV is most closely related to ChchNPV and TnSNPV. Maximum parsimony and Bayesian phylogenetic trees were obtained from the concatenation of the nucleotide sequence of the five genes, lef-8, lef-9, phr, pif-2 andpolh, where pif-2 was by far the most variable. The trees exhibited two closely related monophyletic groups, one containing the isolates IB, IC and ID and another containing the isolates IA, IE, IF and IG.
Informações adicionais: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012.
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